مسجد جامع ابرکوه در میدان اصلی شهر واقع شده است. بنای مسجد چهارایوانی و دارای حیاط میانی مستطیل شکل می باشد. بیشتر قسمتهای آن مربوط به دوره مغول است؛ اما قطعات کهن تری را نیز می توان تشخیص داد؛ از جمله شبستان ستون داری که در میان ایوان جنوبی، شرقی و ملحقات جدیدتر واقع شده است.
مسجد جامع دو قبله دارد: قبله بزرگ(اولیه) که به شیوه بناهای دوره مغول، با جهت قطب مغناطیسی شمال، ۴۷ درجه اختلاف دارد؛ و قبله دوم که بدلیل اصلاح جهت قبله نخست ساخته شد.این مسجد دارای پنج محراب است. زیباترین آنها واقع در ایوان شرقی ، هنگام مرمت و بازسازی در دوران سلطان ابوسعید(ایلخانی) در سال ۷۳۸ ه.ق به بنا اضافه شده و عرض آن ۴/۲۴ متر میباشد.از ویژگی های قابل توجه این محراب، استفاده از آژده کاری با اشکال هندسی و وجود نقوش اسلیمی و حاشیه های تکرار شونده است. این تزئینات بر اساس نظم و قواعد ریاضی اجرا شده و تناسبات طلائی و روابط دقیق هندسی بین اجزا آن مشاهده می گردد. با اینکه قسمتهای زیادی از تزئینات آن در طول زمان دچار فرسایش شده، بخش های اصلی، شامل یک حاشیه بزرگ اسلیمی، کتیبه اصلی، لچکی، پایه ستون و پیچ برجای مانده است. نوع گچ بری به شیوه ی برهشته(گچ بری بسیار برجسته) است.